Virus, bakteri, parasit, atau patogen lain (organisme mikroskopis yang bisa menyebabkan penyakit) dapat memicu infeksi pada lambung serta usus kecil dan besar sehingga timbul peradangan yang dalam ilmu medis disebut dengan gastroenteritis. Infeksi usus juga bisa terjadi karena keracunan dari makanan. Ketika orang sakit karena mereka makan makanan atau minuman yang telah terkontaminasi oleh organisme atau racun yang menyebabkan penyakit (racun yang membahayakan tubuh), itu disebut keracunan makanan. Keracunan makanan biasanya mempengaruhi lambung dan atau usus. Namun, kadang-kadang, organisme atau toksin di balik penyakit dapat melakukan perjalanan melalui aliran darah dan menyebabkan berbagai gejala di bagian lain tubuh seperti hati. Beberapa jenis keracunan makanan juga dapat membahayakan janin yang dikandung oleh wanita hamil.
Infeksi usus dapat menyebar dengan berbagai cara. Beberapa orang menjadi terinfeksi melalui makanan seperti memakan kerang yang terkontaminasi, daging mentah atau setengah matang, produk susu yang tidak dipasteurisasi, atau karena minum atau berenang di air yang terkontaminasi. Penyebab lainnya bisa jatuh sakit setelah menyentuh permukaan seperti meja yang telah terkontaminasi oleh organisme infeksius dan menyebabkan makanan yang kita sentuh ikut tercemar. Jika mereka lupa mencuci tangan, mereka dapat membawa organisme ke mulut mereka di tangan mereka atau pada makanan yang mereka makan. Proses untuk menuju infeksi usus bisa menjadi wabah ketika banyak orang makan atau minum makanan atau air yang terkontaminasi sama.
Tidak semua bakteri yang tumbuh di usus bersifat buruk. Bahkan, beberapa diperlukan karena banyak membantu tubuh dalam melakukan proses pencernaan dan membantu melawan infeksi. Beberapa jenis bakteri jahat adalah yang termasuk dalam kelompok salmonella yang dapat menyebabkan penyakit. Bakteri salmonella typhi menyebabkan penyakit paling serius seperti demam tipus yang umum terjadi di negara-negara berkembang. Pusat nasional untuk penyakit menular melaporkan sekitar 12,5 juta kasus demam tifoid di seluruh dunia setiap tahun. Di Amerika Serikat, sekitar 400 kasus terjadi setiap tahun. sebagian besar terjadi pada orang yang telah melakukan perjalanan ke negara-negara berkembang. Demam tifoid menyebar ketika orang makan atau minum dari sesuatu yang terkontaminasi bakteri. Orang yang terinfeksi mungkin mengalami demam tinggi, sakit kepala, merasa sangat lelah atau lemah, sakit perut, kehilangan nafsu makan, dan kadang-kadang terjadi ruam merah.